El Écija Balompié es un club con una larguísima y arraigada historia en el futbol español. Comenzó su andadura con la fundación del club en el año 1939.

A partir de ahí hasta nuestros días, cambio  varias veces de nombre, Recreativo Ecijano (primera vez en subir a categoría nacional, por aquel entonces Tercera División), Écija C.F., CD. Écija, hasta el actual Écija Balompié que adopta en el año 1969. El Écija Balompié se fundó en 1939. Posteriormente y tras una desaparición se refundó en 1968.

El Écija Balompié disputa su primera competición oficial en 1969 en el campeonato de la Copa de Primavera. Posteriormente militando en Regional.

Fue en 1987 cuando el club logra el ascenso a la Tercera división española. En ese periodo en Tercera el Écija acarició el ascenso al lograr dos subcampeonatos.

En 1992 el club logra un nuevo ascenso y alcanza la Segunda división B española donde durante las tres siguientes temporadas queda a un paso de alcanzar la categoría de plata.
Sería Fue en junio de 1995 tras una disputada liguilla de ascenso, cuando el Écija Balompié dirigido por el ecijano Manolo Wic, logra el ansiado ascenso a la Segunda División española, máxima categoría en la que ha  militado en su historia, categoría en la que permaneció durante las dos temporadas siguientes.

Mas recientemente tras quedar campeón del Grupo IV de la Segunda División B española, continúa en la misma categoría al no poder ascender en la final del play off de ascenso ante la SD Huesca.

En la temporada 2008-2009 el club sufre la decepción o depresión del no ascenso y en el verano de 2009, el club atraviesa serias dificultades económicas que les ponen al borde del descenso a 3ª división por impago a los jugadores. Finalmente se solventan los problemas y el Consejo de Administración recorta seriamente el presupuesto para la campaña 2009-2010. El técnico elegido esa temporada es Hristo Vidakovic, al mando de una plantilla humilde pero tremendamente competitiva y que terminó con un decente 10º puesto en la tabla clasificatoria, después de ser uno de los equipos de la categoría que mejor fútbol practicó durante todo el campeonato. El equipo estuvo varias semanas entre los primeros clasificados pero en el último tramo de liga empeoró sus registros quedándose sin posibilidades de ascenso.

El pasado verano, el equipo volvía a una situación complicada, no se sabía si continuarían en segunda división B o el equipo desaparecería como viene amenazando estos últimos años. Pero el 3 de agosto de 2010, un grupo de aficionados ecijanos, tras duras negociaciones con los que eran los dueños de la sociedad, se hacen con las riendas del equipo.